>Veras, mis tablas DBF son entre 40MB y 70MB
>estan indexadas por su correspondiente campo clave (super llave = dos campos de tabla), las consultas que hago las hago con sentencias SQL, es decir, Select a.campo1,b.campo1 from tabla1 a,tabla2 b where a.campo5=b.campo5 and a.campo6=b.campo6 into cursor TmpMycursor

Si los índices están correctos, no deberías tener diferencias de tiempo por el tamaño (para el mismo set de resultados).

>Este cursor lo recorro y comienzo a crear la estructura HTML, es decir, el formato de respuesta.

Este es un posible punto en el que pierdas rendimiento, si estás perdiendo mucho tiempo para cada registro.

>El tiempo de respuesta es de 5 segundos y en ocasiones es mayor.
>No se que hacer, la version anterior de PHP era muy rapida, no pasaba de 2 segundos la consulta.

De nuevo, en este detalle no hay indicio directo de qué es lo que demora 5 segundos. Trata de medir cuánto tiempo lleva la consulta en si, y luego cuanto tarda tu rutina en generar el HTML. Supongo qu estás construyendo una tabla. En este caso, ¿cuántas filas tiene? ¿estás paginando el resultado? ¿es todo una sola tabla ó armas una independiente por cada registro?

Verás que hay muchos factores para mirar. Investiga un poco estos puntos y cuéntame, que trato de ayudarte a optimizarlo.

Saludos,