Estimado compatriota:

No sos muy específico en la descripción de tu problema pero pienso que tu proceso andaría mejor usando cursores SQL en vez de tablas temporales, probá también de usae insert into en véz de append from y replace, y si no podés hacer nada de eso y tus tablas son chicas, y son borradas y escritas contínuamente, deshabilitá los índices y buscá con locate en vez de seek, por que a veces Rushmore puede ser contraproducente. Con respect a esto te recomiendo leer el capítulo de optimización del libro de Rubén Iglesias Visual FoxPro 5, Fundamentos y Técnicas de Programación.
Suerte.

Pedro