Bruno, también me alegro por el criollo no creo que Windows genere algún conflicto, no tiene por qué, pero tal vez deberías preguntar eso en el foro de Windows.
Veo que tu inconveniente no es el tiempo de proceso sino que prácticamente te cuelga el sistema.
Yo haría dos cosas:
Primero verificaría si autoyield está establecida como falso para la aplicación para que tengan efecto los doevents, y si no anda, intercalaría cada tanto un wait con timeout para ver que pasa con los eventos pendientes en ese momento a costa de unos segundos de parar tu rutina, total.. si tarda varios días que le van a hacer unos segundos cada tanto.

Suerte

Pedro