Casi todos los instaladores, incluyendo el Setup Wizard de VFP, pueden correr un programa luego de instalar. Puedes alli correr un script de WSH con el mismo código que te di pero traducido a VBS (muy simple). O puedes usar javascript si te gusta más. Ambos los corres usando WScript.exe

Para crearlo desde el desktop de windows, con el mismo código, pero en JS, escribe lo siguiente (o similar) a un archivo de texto con la extensión 'js':

shell = new ActiveXObject("WScript.Shell");
desktopDir = shell.SpecialFolders("Desktop");
lnk = shell.CreateShortcut(DesktopDir + "\\Shortcut to Notepad.lnk");
lnk.TargetPath = DesktopDir + "\\notepad.lnk";
lnk.Save();

WSH es el reemplazo de los viejos BAT de DOS y mucho más. Por supuesto que debe estar instalado en la máquina. Viene con Win98, WinME, Win2000. Si no está instalado, vas a Control Panel/Windows Setup/Add-Remove Programs y lo verás en Accesorios.
Para Win95 y WinNT4, debes bajarlo (gratis) de Microsoft (http://msdn.microsoft.com/scripting)

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Gracias por tu respuestas, sin embargo quiero generar el shortcut y el directorio con los shortcuts cuando instale la aplicación como lo hago.
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