* RUTAS.DBF puede ser tu tabla de rutas, tiene los siguientes campos: DEFAULT, DATOS, OTROS tipo caracter de un tamaño de al menos 120 caracteres.
*Cuando inicie tu prg principal, antes de ejecutar el menu o si tienes formulario de nivel superior, antes de este:
Local cDefault, cRuta, lRutas
lRutas = .F.

Use RUTAS In 0
Select RUTAS
If Reccount() > 0
* Significa que ya tienes definidas las rutas
cDefault = Alltrim(RUTAS.DEFAULT)
cRuta = Alltrim(RUTAS.DATOS) + ';' + Alltrim(RUTAS.OTROS)
Set Defualt To (cDefault)
Set Path To (cRuta)
lRutas = .T.
* Aqui ya pones tu demás código
Else
* No tienes definidas las rutas
Do Form RUTAS.SCX To lRutas
* Si el usuario canceló hay que verificar, puedes hacer que tengan que pasar a fuerza por el formulario
* todo depende de lo que requieras hacer
If lRutas
If !Used('RUTAS.DBF')
Use Rutas In 0
EndIf
cDefault = Alltrim(RUTAS.DEFAULT)
cRuta = Alltrim(RUTAS.DATOS) + ';' + Alltrim(RUTAS.OTROS)
Set Defualt To (cDefault)
Set Path To (cRuta)
lRutas = .T.
EndIf
EndIf

If lRutas
* Pon tu codigo siguiente, ya verificaste que están registradas las rutas
EndIf
Close All
Quit

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Claro, esto es algo simple, puedes ampliarlo o mejorarlo, pero es algo para comenzar, espero te sirva
En cuanto a leerlo del registro de windows, puedes buscar en el area de download, ahi puedes encontrar algunas herramientas para el manejo del registro.

Mauricio