Fabiano,

Minha resposta não é exatamente o que você esperava, mas eu já fiz isso uma vez.

Inclusive, após scannear, eu tratava a imagem (tamanho / girar / etc)

Mas não me lembro nem por onde começar. Eu fiz isso para um amigo e o código-fonte não é meu.

Ah... Você pode, inclusive, scannear várias páginas e armazenar em apenas um arquivo (tem um tipo de arquivo que permite isso)...

[]s e boa sorte! Vai em frente que dá certo.