>>Atualmente eu anoto as alterações na base de dados e depois gero um PRG com ALTER TABLE para atualizar nos usuários.
>>Gostaria de tornar esse procedimento automatizado...
>>Alguma sugestão?

Tira o escorpião do bolso, e dá uma olhada no Stonefield Database Toolkit (www.stonefield.com). Bom, já falamos sobre ele, não é? Pelo menos fica aqui a dica pra quem ainda não conhece esta ferramenta. :)