Oi Leandro,
Bem, na verdade é assim mesmo. O InstallShield Express suporta a nova tecnologia Windows Installer da Microsoft, o que o faz distribuir alguns arquivos de suporte. Adicione a isso os arquivos da sua aplicação e os arquivos de runtime e você vai obter um setup grande. Concordo com você que á bastante, mas até onde eu sei, é assim mesmo.
Um abraço!