Si usas VFP7 podes hacerlo con los eventos que trae la Base de Datos. (Una de las mejoras mas interesantes junto con el con el soporte para XML y WEB services)
Si usas versiones anteriores una idea interesante que vi era no incluir las bases de datos en el entorno de datos, en su lugar se usaba el evento Init del DataEnviroment para usar un programa que abria las tablas e incluia auditoria, en el destroy cerraba las tablas.. por supuesto existe el problema que si una maquina se "cuelga" y la apagan quedaba incompleta la auditoria (misma idea que te indico Frederico Tomazetti), un aporte mas es que si realmente necesitas este tipo de controles y especializacion deberias considerar la idea de diseñar un sistema en tres capas.
Un saludo