Frederico,
Tive um cliente com esse problema. Era uma rede com Windows 98 (não havia um servidor) e as vezes uma maquina mantinha os arquivos abertos, mesmo quando o programa era fechado...
Consegui descobrir qual estação era utilizando o "Monitor da rede" que vem junto com o Windows 98. (Acho que fica em "Iniciar / Programas / Acessórios / Ferramentas do Sistema")
Depois de descobrir quem estava mantendo os arquivos abertos, cheguei a conclusão que isso só acontecia de vez em quando e uma pessoa que monta redes me orientou para colocar um servidor dedicado. Foi o que fiz... Compramos uma máquina e colocamos o Windows 2000 professional. O problema não aconteceu mais.
PS: Uso VFP 5 - e acontecia principalmente quando alguém desligava a maquina sem chegar na tela "O seu micro já pode ser desligado com segurança!"
[]s!
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Rodolfo Duarte