Oi Walney,

Você pode criar scripts de atualização que lançam comandos ALTER TABLE sobre as tabelas de forma a alterar/adicionar/excluir os campos para a nova versão. Existe ainda uma técnica bem difundida que é de liberar arquivos com a nova estrutura vazios e dar APPEND FROM dos arquivos antigos. Após isso, você substituiria os arquivos antigos pelos novos recém "appendados".

Um abraço!