Hola Ricardo!

El uso del Timer en realidad no te sacrifica el rendimiento de una aplicación, generalmente lo utilizo para poner relojes en las aplicaciones, por lo que se usa cada segundo y no cada 60 como tu pretendes. En realidad un timer es demasiado ligero he realizado aplicaciones que tienen varios timer trabajando al mismo tiempo y no hay problemas... el único problema con el que me he topado es que en máquinas con procesador lento o poca memoria, si tienen muchas aplicaciones o ventanas del explorador abiertas, el timer puede desincronizar un poco.

El disparo de tu alarma, creo yo que bien podrías ponerlo en el evento timer, la idea del array en memoria no es mala... en alguna ocasión hicimos algo similar y lo que se hacía, era ordenar la tabla de eventos y en una variable poníamos la hora del siguiente evento y el evento timer validaba si ya era la hora, en cuyo caso mandaba un Messagebox con el mensaje que tomaba de la tabla. Nos funcionó bastante bien, ya que la variable sólo se refresca cuando se activa el evento timer y no estás golpenado demasiado a la tabla, sólo cuando se activa la alarma... aunque la verdad es que en ese sistema no era necesario más de un evento por hora, pero bien puedes validar contra el arreglo.

También pienso que lo mejor sería que todo el código vaya dentro de el mismo ejecutable, aunque eso es más bien gusto de cada programador.

Espero que te sirvan mis comentarios