Olá Rodolfo !
Estou trabalhando em outra empresa. Aqui temos clientes com este perfil. Eles usam um link dedicado e todo acesso é online. Não temos arquivos locais.
Os cadastros são únicos (Cliente, Fornecedor, produto etc ...) As movimentaçòes são feitas por filial, o estoque etc.... Inclusive vc pode fazer uma venda numa filial e o produto sair de outra filial. É um pouco complexo desta forma mas torna a aplicação mais versátil
Espero ter ajudado e se precisar de mais alguma coisa. entre em contato !