>1) Gostaria de deixar o cadastro de clientes, fornecedores, funcionários, produtos e serviços para uso em comum. Minha dúvida é com relação aos códigos (cada filial teria uma faixa de codificação? (para evitar duplicidade))

Sim.

>2) Chave primária: As vendas devem ser numeradas corretamente em cada filial. Por exemplo: A filial 1 deve ter as vendas 1, 2, 3, etc... O mesmo acontece nas outras filiais. Neste caso eu teria uma chave primária composta de 2 campos: Filial+Número da venda. Existe algum problema nisso?

Você quer que cada filial tenha um contador continuo? Então vc pode ter uma tabela mantendo o último número usado em cada filial. Quando precissa um novo número, pega do contador o último para a filial e suma um. Logo usa, como vc dizer, Filial+Número.

Não use isso como chave primária. Somente como chave candidata. Para chave primaria é melhor usar uma chave sem sentido para o usúario ("surrogate key"). Ista pode ser de um contador de números, ou alfanumérica ou um GUID por exemplo.