Que tal Jorge:
En mi caso, tambien desarrollo aplicaciones personalizadas y aplicaciones genericas.
Normalmente, aunque la aplicacion sea personalizada, la diseño de tal modo que se
adapte a la mayor cantidad de clientes potenciales y cumpla con las espectativas
del cliente original.
La forma de cobrar es la siguiente:
Al cliente que paga por el desarrollo a la medida, se le cobra el precio normal por desarrollo
Si hay un cliente que está tambien interesado por el sistema y todavia esta en fase de diseño o
desarrollo, se le cobra como si fuera desarrollo pero con un descuento a ambos clientes.
Si ya está terminado el sistema, se le da un precio de venta general, como si no fuera desarrollo
a la medida, ya que no se le van a hacer cambios, si el cliente requiere cambios, se cobra por ellos.
En general, al cliente original se le da el derecho de utilizar el software en los equipos que requiera,
esto es porque pagó por el desarrollo completo. Pero cualquier consulta relacionada al sistema se cobra
después de cierto tiempo (por ejemplo 3 meses).

Espero esto te ayude

Mauricio