Oi Fabian,
Bem, se os esquemas não foram gerados pelo CURSORTOXML(), você pode ter problemas. Os XSD Schemas gerados pela função CURSORTOXML(), ao que tudo indica, são processadas via código proprietário do VFP, e não pelo MSXML Parser. Até por que as funções de XML do VFP são portadas para o MSXML versão 3.0, que ainda não suportava esquemas XSD, somente esquemas XDR. Sendo assim, esta interpretação parece ser restrita a alguns padrões, os quais, infelizmente não descobri e não sei de niguém que o tenha feito.
Que tipo de utilização você está considerando fazer com o DOMDocument?