Oi, Sérgio.

mas e as triggers e Stored Procedures ?

Hummm...

Bom, nesse caso eu faria assim:

1. Criaria o Banco de Dados com todas as tabelas, as Triggers e StoredProcedures 
2. Rodaria o GenDBC 
3. Apagaria o Banco de Dados com todas as tabelas, as Triggers e StoredProcedures 
5. Editaria o programa gerado pelo GenDBC substituindo todos os <i>CREATE TABLES</i> por <i>ADD TABLE</i>

Desta maneira você consegue o que precisa - hoje minha rotina de reindexação funciona desta maneira.

Caso tenha dúvida sobre o GenDBC pode falar que te explico melhor.