Olá Pedro,

Aqui no UT, tem uma classe chamada "reindexer" que deleta e recria os dados de todas as tabelas de um dbc. É só você setar a propriedade se não me engano dbcname e executar os métodos. Ela também está preparada para trabalhar com indices tipo candidato e primário, recria também os relacionamentos. Antes de testá-la faça cópia dos seus dados, pois quando testei-a pela primeira vez, ela não conseguir recriar os indices, aí .....
Lembro ainda que ela armazena todos os índices das tabelas em um dbf (acho que é indexmetadbf. A partir dessa tabela você pode recriar posteriormente todos os índices. Eu não vi a necessidade de validar o dbc.
Fiz algumas alterações nela, agora está funcionando perfeitamente.

Fernando de Oliveira
Belo Horizonte MG