Pedro,
Esse realmente é um grave problema que enfrentamos, eu não sei porque e também sei que nem o pack nem o reindex restauram os indices perdidos. Não sei se seria a melhor alternativa, mas se esta tendo esse problema com frequência, por que não cria uma pasta com uma cópia do seu banco de dados certo, e na sua rotina de indexação, recupere de lá os índices?

Espero ter ajudado.

Thiago