Caso sua chave CODIGO seja primaria ou Canditada o problema pode ser o seguinte:

As vezes o Visual Fox Pro, por um erro físico do índice, deixa um campo Primario ou Candidato ter valores duplicados(isso é um erro físico, problema na rede,etc) - > ERRO DE VIOLAÇÃO DE INDICE(se não me engano).
Quando você usa o comando REINDEX(), ele DESTROY os índices PRIMARIOS OU CANDIDATOS que possuem duplicidades.

Acho que a solução do problema seria uma analise do Hardware onde seu sistema esta rodando. (HardDisc etc).
Sei que as organizações hoje em dia tentam fazer das tripas coração para não trocar uma máquina ou uma peça, mas eu já resolvi um problema parecido trocando o HD da máquina servidora.

Abraços
Flávio Henrique.