Olá, Lásaro.

>>se realmente é tão difícil assim passar a fazer uso de ISAPI ou não.

é trabalhoso. Apesar de ser a melhor opção no quesito performance quando estiver desenvolvendo com VFP para a web, o preço que se paga pelo trabalho em se utilizar ISAPI talvez seja muito caro.

>>Consegueria fazer um ISAPI usando Linux ou o ISAPI é somente para plataforma Microsoft ?

Se for utilizar a FoxISAPI, ou qualquer outro filtro ISAPI, na intenção de executar VFP no servidor, sem dúvida isso só é possível em plataforma Microsoft.