Isso depende muito do ramo que você atua.

Minha principal preocupação é com o concorrente, não com o cliente :D. Travo o sistema para o concorrente não telo na máquina dele e analisar o que nos temos de bom :P.

Aqui o processo é de 2 modos:

Ou o cliente liga a primeira vez para liberar a chave de acesso (que é tratada apenas no servidor), ou pode executar o registro automatica que libera sem complicações pela Web. Nos dois casos amarramos pelo CNPJ para verificar algum comportamente suspeito (várias liberações por exemplo) e nosso pessoa de pós venda sempre liga para o cliente 2 dias depois da liberação para saber como foi o processo.

Lembro ainda de como nosso sistema tem frente de loja, o cnpj liberado é conferido com a ECF e só funciona quando bate os dois, se não trava o sistema todo :P