Por CNPJ é simples:

1 - Crie um arquivo criptografado com o CNPJ do cliente
2 - Ao abrir o ecf, verifique se o CNPJ é o mesmo contido na ECF
3 - Se não for ... :D

Todas outras travas, são relativamente simples de serem descobertas pois são via software. Não adianta ficar fazendo formula mirabolante.