Para criar uma instalação a partir de um cd de um modo simples, basta voce criar um autorun como mencionado pelo Peter. Ha um programinha do Karen´s Power Tools chamado Autorun Editor que facilita isto para voce. Procure na net.

Para interagir com o usuario fazendo com que ele escolha ou acompanhe a instalação, voce pode criar uma apresentação no Powerpoint, por exemplo, e apresentar as opções.
Na imagem ou no atalho para instalar, voce cria um hiperlink apontando para o programa que voce quer executar ou para o proximo slide ou apresentação para continuar exibindo documentos. No cd voce tem que ter o powerpoint viewer para o caso do usuario nao te-lo instalado no micro.

Quanto a executar a dll no lugar do exe nas estações, nao precisaria fazer isto, pois eu usaria executaveis diferentes. Tentar distinguir o servidor das estações e fazer uma instalação independente da ação do usuario é algo muito complicado para quem ainda esta criando ainda arquivos autorun.

Espero ter lhe dado alguma luz

Saulo Heber