Rodolfo,

Você pode colocar as DLLs junto com seus EXEs que o sistema funcionará.
Quando faço a instalação dos meus sistemas em qualquer máquina eu nunca coloco as DLLS no diretorio System do Window.

OBSERVAÇÃO: Se o cliente possuir outro sistema na mesma versão do seu, quando eel desistalar o sistema anterior ele irá tirar as DLLs do direório System do Window.

Antônio CArlos
Aracaju-Brasil