En realidad no tengo muy claro tu problema, lo que me parece es que tu borras registros en tablas y no puedes lograr que no se muestren en las consultas o que parezca que dichos no esten en ellas.
Mira una vez tuve un problema parecido, y algo que me resulto es los sigueite:
Imaginate que tengo una tabla que se llama clientes, y tengo una etiqueta de indice cod_cliente, al momento de crear el indice hay una casilla que se llama a filtro alli le colocas "not delete()", asi cuando ese indice se construya solo estaran los registros que no hayan sido borrados. Cuando tu uses DELETE en un registro desparecera del indice. Claro esta!!, si quieres ver los registro borrados tendra que crear un indice sin filtro. Pruebalo y me avisa como te resulta.