Hola, Como estas?
Creo que Puedo ayudarte:
Te lo voy a detallar así,

1. Crea en tu programa ejecutable una rutina que verifique el # de versión de tu EXE
2. Termina el programa llamando a otro EXE, pues si vas a copiar el EXE de tu sistema no de de estar abierto, verdad?
3. Luego que se conecte al FTP y baje el EXE que ejecute la copia, normalmete esto es rápido no te preocupes
4. Toma el otro EXE el nuevo que has bajado y verficale su versión
5. Si la versión de este es mayor que el anterior que ya tenias que lo suplante
6. Copia el nuevo EXE, termina este programa de copia y llama al EXE original

Se lee bonito, pero te mando estas rutinas para que lo chequees y te des cuenta que no es dificil:

Mandame un Mail a chrisaven2000@hotmail.com
para que te envie el proceso, pues por medio de esto no deja.

ok. Fue un gusto y espero que te sirva.
Saludos.