Olá Paulo

Começando pelo fim: também já tive problemas com SET DATASESSION e parei de usá-lo.

tem algo errado no código abaixo, ele não faz um APPEND BLANK quando a lcAlias não é encontrado:

  IF SEEK(lcAlias, "Ids", "table")
    IF RLOCK()
      lnID = ids.nextid
      REPLACE ids.nextid WITH ids.nextid + 1
      UNLOCK
    ENDIF
  ENDIF

Normalmente faço assim:

  IF NOT SEEK(lcAlias, "Ids", "table")
     APPEND BLANK  IN Ids
     REPLACE table WITH lcAlias  IN Ids
  ENDIF
  IF RLOCK("Ids")
     lnID = ids.nextid
     REPLACE ids.nextid WITH ids.nextid + 1  IN Ids
     UNLOCK  IN Ids
  ENDIF

O detalhe final e que me resolveu esses problemas com transações: uso uma tabela livre para gravar os Ids, pois tabelas livres não são consideradas em transações.

Espero que ajude