Hola, Frederico.
>Alexis, no te olvides también de mirar la estrutura de sus tablas, pués yo tuve un problema con una tabla que tenia un campo tipo char(1000) sin indices. Yo cambié el campo para text y coloquei un indice y la consulta se quedo bien más rápida.
Por supuesto este es un tema fundamental. Si estamos hablando de claves de empleados, la primer recomendación es que sean Integers (y si es posible Identities).
Si esto no lo mejora, deberías ver el plan de acción en el SQL Server.
Saludos,