O "IN" penaliza demais o select, use sempre em ultimo caso.
O que você pode fazer é um left join e filtrar as informacoes com Having:
select tem,naotem from tem left join naotem on tem=naotem having !isnull(naotem)
Se você usar o full, você tem o resultados das duas tabelas na mesma hora.
Cordialmente,
Fabiano Costa