>Quais são as principais vantagens e desvantagens (se é que existem) em se criar classes não visuais dentro de um arquivo PRG ou em um arquivo VCX.

algumas coisas que vêm à minha mente de imediato:

VCX pros:
Suporte visual através do Visual Class Designer e Class Browser

VCX contras:
visto que é um DBF, pode corromper-se com certa facilidade

PRG pros:
raramente corromperá, visto que é um arquivo texto

PRG contras:
não possui suporte visual.

Existe uma diferença em performance quando instanciamos classes a partir de PRG ou VCX. Quando instanciamos de VCX, o runtime precisa fazer uma busca nas VCX para encontrar a definição da classe (ou classes, dependendo da hierarquia). No caso de PRG, as definições já estarão na memória, o que acelera o processo. Entretanto, não sei até que ponto esta diferença pode ser sentida.

No livro Advance Object Oriented Programming with VFP 6, do Markus Egger, tem alguma coisa dedicada a esta questão.

Eu particularmente costumo colocar classes visuais (forms, controles visuais, etc) em VCXs, e classes não-visuais (objeto de negócios, etc.) em PRGs.