Certamente o problema é do RUSHMORE...
Verifique se o SET COLLATE utilizado pelo seu programa é o mesmo que os índices foram criados... O Rushmore só funciona nesta condição.
Não existe diferença entre um PRG, um EXE ou uma APP... a velocidade do VFP sempre será a mesma... Verifique os SETs do seu programa que você encontrará alguma diferença entre o seu ambiente de desenvolvimento (PRG) e seu executavel (EXE)
[]s!
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Rodolfo Duarte