Oi Paulo,
Sobre o bug no CA, a Microsoft já o reconheceu e deve estar trabalhando no mesmo...
Sobre o problema da Command Window, não consigo reproduzir. Para mim, o VFP está sempre respeitando a posição em que eu deixei da última vez...
Você chegou a verificar a localização do seu FoxUser? SYS(2005)? Por um acaso o set SET RESOURCE não está OFF?
Um abraço!