1) El icono debe incluir al menos los formatos 16x16 y 32x32 ... con 16 colores... Ademas es recomendable incluir dentro del .ICO los formatos 16x16, 32x32, 48x48 en 256 y TrueColor.

2) Cuando agregas el icono al proyecto, ese será el icono del .EXE.

3) para que la aplicación tenga el mismo icono (u otro), debes cambiar el icono del formulario principal de la APP (si usas Nivel Superior) o bien, el de _SCREEN si usas el escritorio de VFP como ventana principal.... Para ello, y suponiendo que usas la 2da opcion, en el programa de arranque (o mejor aun en el init de tu clase APP), debes incluir lo siguiente:
_SCREEN.Icon = "ArchivoDelIcono.ICO" && Si usas el escritorio de VFP

Saludos,